História UPJŠ siaha až do 17. storočia. Škola sa totiž hlási k tradícii
Košickej univerzity (Universitas Cassoviensis), ktorú založil jágerský
(egerský) biskup Benedikt Kišdy (1598-1660) vo februári 1657 listinou "studium universale". Jezuitskú univerzitu vytvoril podľa vzoru Trnavskej univerzity a zriadil pre ňu základinu vo výške 40.000 zlatých.
Cisársky súhlas prišiel až po jeho smrti. Cisár Leopold I. vydal 7.
augusta 1660 v Grazi Zlatú bulu Košickej univerzity, ktorú prijal pod
svoju osobitnú ochranu. Významné bolo ustanovenie o uznávaní
akademických stupňov tak, akoby boli získané na ktorejkoľvek z
najstarších a najslávnejších univerzít habsburskej monarchie.
Univerzitu s filozofickou a teologickou fakultou viedli jezuiti. Po
zrušení jezuitského rádu fungovala škola od roku 1773 pod dozorom štátu.
V roku 1777 sa Košická univerzita transformovala na Košickú kráľovskú
akadémiu (Academia regia Cassoviensis), ktorá naďalej poskytovala
vysokoškolské štúdium na filozofickej a právnickej fakulte. Ako pobočka
jedinej uhorskej univerzity v Budíne disponovala právom promovať
absolventov. Výučbu teológie v rámci reorganizácie presunuli do Egeru
(Jágru).
Akadémia pôsobila od školského roku 1850/1851 ako Cisársko-kráľovská
právnická akadémia (Caesareo-regia iuris academia). Vyučovalo sa na nej
už len právo, predmety filozofickej fakulty sa učili na gymnáziu.
Táto škola pôsobila do roku 1921, keď bola rozhodnutím československej
vlády zrušená. Od roku 1922 tak Košice – po 265-ročnej histórii – neboli
vysokoškolským mestom.
Tento stav trval do roku 1959, kedy vznikla Univerzita Pavla Jozefa
Šafárika zlúčením pobočky Lekárskej fakulty Univerzity Komenského v
Bratislave a Filologickej fakulty Vyššej školy pedagogickej v Prešove.
Na začiatku novodobej existencie mala univerzita lekársku fakultu v
Košiciach a filozofickú fakultu so sídlom v Prešove. V akademickom roku
1959/1960 sa na štúdium zapísalo 952 poslucháčov, ktorých vzdelávalo 201
pedagógov.
V ďalších rokoch sa univerzita rozšírila o ďalšie tri fakulty –
prírodovedeckú (1963, so sídlom v Košiciach), pedagogickú (1964, so
sídlom v Prešove) a právnickú (1973, so sídlom v Košiciach). Po
spoločensko-politických zmenách z Novembra '89 pribudli Gréckokatolícka
bohoslovecká fakulta a Pravoslávna bohoslovecká fakulta (obe 1990, so
sídlom v Prešove).
Univerzita sa od 1. januára 1997 rozdelila na dva samostatné právne
subjekty: Univerzitu P. J. Šafárika v Košiciach a Prešovskú univerzitu
so sídlom v Prešove. Na UPJŠ tak zostali Lekárska, Prírodovedecká a
Právnická fakulta, ku ktorým pribudli v roku 1998 Fakulta verejnej
správy a od 1. januára 2007 aj Filozofická fakulta.
Infraštruktúru UPJŠ dopĺňajú ďalšie univerzitné pracoviská – Ústav
telesnej výchovy a športu, Botanická záhrada, Univerzitná knižnica,
Centrum informačných a komunikačných technológií, Študentské domovy a
jedálne, Univerzitné poradenské centrum a Centrum celoživotného
vzdelávania a podpory projektov UPJŠ. Rektorom Univerzity Pavla Jozefa
Šafárika v Košiciach je Pavol Sovák.